لقد شهدت مصر قبل ٣٠ يونيو أزمة فكريّة وأمنيّة حادة بسبب صعود الجماعات المتطرفة التي سعت لتسييس الدين، ونشر الفكر التكفيري، مما أدى لتفشي العنف وانهيار الأمن، وقد تصدى علماء الأزهر وعلى رأسهم الدكتور علي جمعة، لهذه الأفكار عبر الخطاب الوسطي المستند إلى الشرع، مؤكدين حق الشعب في التغيير السلمي، وقد برز دور الأزهر في تفكيك التطرف وإصدار وثائق وفتاوى تدعم استقرار الوطن، مثل فتوى: "اضرب في المليان" التي شرعت مواجهة الإرهاب، وكسر شوكته في سيناء.