ولقد اشتملت مؤلفات الشيخ المراغي على برامجه الإصلاحية سواء في الأزهر أو في قوانين الأسرة، بالإضافة إلى مؤلفاته ودروسه في تفسير القرآن الكريم، وبعض القضايا الفقهية واللغوية.
ومن أهم مؤلفاته ما يلي:
١- الأولياء والمحجورون، وهو بحث فقهى لا يزال مخطوطًا بمكتبة الأزهر، يتناول فيه موضوع الحجر على السفهاء، والذين يتولون أمورهم بعد الحجر، وقد نال الشيخ بهذا البحث عضوية هيئة كبار العلماء.
٢- تفسير جزء تبارك، وهو أيضًا لا يزال مخطوطًا، وقد قصد به الشيخ أن يكون تكملة لتفسير جزء (عمّ) للإمام محمد عبده.
٣- بحث في وجوب ترجمة القرآن الكريم، مطبعة الرغائب (١٩٣٦م).
٤- رسالة بعنوان: (الزمالة الإنسانية) كتبها لمؤتمر الأديان في لندن، مطبعة الرغائب (١٩٣٦م).
٥- بحوث في التشريع الإسلامي وأسانيد قانون الزواج، رقم (٢٥) لسنة (١٩٢٩م).
٦- مباحث لغوية بلاغية.
٧- دروس دينية نشرت بمجلة الأزهر، تشتمل على تفسير لبعض سور القرآن الكريم، وقد ألقى الشيخ هذه الدروس في المساجد الكبرى في القاهرة والإسكندرية، وحضرها الملك فاروق في الفترة من عام (١٣٥٦هـ) حتى (١٣١٤هـ)، وقد نشرت هذه الدروس أيضًا في كتيبات مستقلة.
٨- مجموعة من المقالات والخطب - نشرت نماذج منها في نهاية كتاب (الشيخ المراغي بأقلام الكُتّاب).